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Path of Neo se centra exclusivamente en el protagonista de Matrix, tomando su control desde que decide tomar la pastilla roja hasta los últimos acontecimientos de la historia en el mundo de las máquinas. Le veremos como Thomas Anderson, escurriéndose de los agentes en su oficina, como un liberado recién despertado, en distintos programas de entrenamiento, rescatando a Morfeo o finalmente revelándose como El Elegido. En Neo y únicamente en él recae el protagonismo de este título, tal y como los fans y la lógica exigían.